当年，免湖广、江西、山西、山东、陕西、河南、畿内受灾税粮。安南、琉球朝贡。

弘治十五年(1502)正月初三日，朱晖率师回京。十三日，大祭天地于京城南郊。二月十日，免河南受灾税粮。三月十一日，罢免饶州督造瓷中官。十八日，赐康海等士及第、各有差别。

四月初一日，赈济京师贫民。五月二十九日，免湖广受灾秋粮。

七月九日，录用刘基后代世袭指挥使。十九日，王轼破斩米鲁，贵州贼被平定。二十一日，命各边卫设养济院、漏泽园。八月十一日，因南京、凤久雨大风，长江满成灾，遣使臣祭告先祖，命两京群臣修反省。九月初一日，有日。十九日，放走并减少内府所喂养的鸟兽。

十月四日，停明年上元节灯火。十一月三日，琼州黎贼作。二十五日，停止广东采集珠宝。十二月十一日，《大明会典》修成。十三日，因病不上朝办公。这月，免南畿受灾秋粮。

这年，琉球、安南朝贡。

弘治十六年(1503)正月十五日，遣官代祭太庙。二月四日，上朝办公。十一日，大祭天地于南郊。三月二十六日，免山西受灾税粮。

四月十五日，命令宣府、大同严防边备。五月二十三日，因云南灾情变化命群臣修反省。刑侍郎樊莹巡视云南、贵州，检察官吏，问民疾苦。

七月，广东官军征讨黎贼，大败黎氏。九月十四日，赈救两畿、浙江、山东、河南、湖广受灾军民。

十一月十一日，停免营造及明年上元节烟火。这月，免南畿遭灾秋粮。十二月十三日，免淮、扬、浙江料。

当年，安南、暹罗、哈密、土鲁番、撒儿罕朝贡。

弘治十七年(1504)正月初九日，南京工侍郎铨赈救应天饥荒。十二日，在京城南郊大祭天地。二十日，严定诬告禁令。二月二十二日，减少供用料。二十七日，严格谶纬妖书禁令。二十八日，免浙江遭灾税粮。三月一日，太皇太后死。二十二日，定太庙各室一帝一后制度。

四月十八日，安葬孝肃皇太后。闰四月一日，阙里先师庙修成，派大学士李东祭告。十日，免山东遭灾税粮。十五日，因四方灾荒命群臣修反省。二十日，命各门详细讨论害民弊政。五月三日，罢免南京、苏、杭织造中官。六月十六日，从此开始命令两京五品以下官吏六年考察一次。二十二日，在阁召见大学士刘健、李东，讨论边防事务。二十四日，火筛侵大同，指挥郑王禹奋力战死。

七月五日，工侍郎李钅遂、大理少卿吴一贯、通政司参议丛兰分经略边关要。六日，左副都御史阎仲宇、通政司参议熊伟分别经理边防粮饷。八月十一日，命天下抚、、三司官陈奏军民利弊，士民建议可以采纳的，所在门要上报。二十七日，免南畿受灾夏税。三十日，在阁召见文升、珊，告谕他们明年考察一定要查访实绩，以求准确妥当。九月三日，告诉法官不得偏情任执法，推迟狱囚时间。二十七日，太常少卿孙经略宣府、大同边务。三十日，到阁，告诉刘健、李东、谢迁“：各边境主要功劳，巡抚御史察实，往往推迟一年，这不是奖励军功的办法。从今天起一切奏报，以远近为限期。违者查办惩治。”告谕讲官讲可以直言不讳。