寻疏言：“臣过云梯关，见拦黄坝巍然如山，下不暢，无怪上之溃决。应拆拦黄坝，挑濬河，与上一律宽。”又言清淤垫，应于张福开引河，引清运敌黄，建闸以时启闭。又言人字河至芒稻山分二派，又名芒稻河，应濬使暢；并濬凤凰桥引河及双桥、湾二河，皆汇芒稻河江。俱下议行。寻以拦黄坝既撤，河开濬通，暢海，疏请赐名大通。上嘉鹏翮章奏词简意明，治事详，遣员外郎拖抗拖和、中书张古礼驰驿令鹏翮举所规画奏。鹏翮疏陈开濬引河、运，培修河岸堤坝诸事，并下速议行。寻又疏陈河工诸弊，并请河员承挑引河，偶致淤垫，免其赔修；夫役劳苦，工成日请给印票免杂徭。上嘉其陈奏切要周备。寻又请于归仁堤五堡建矶心石闸，并于三义坝旧中河筑堤，改新中河，合为一河，便粮艘通行。上谓所议甚当，并如所请。

上倚鹏翮治河，谓鹏翮得治河秘要，谕大学士曰：“鹏翮自到河工，日乘巡视堤岸，不惮劳苦。居官如鹏翮，更有何议？”鹏翮以修治事状遣郎中王楫奏，上谕楫归语鹏翮，加意防守家堰。鹏翮乃增筑月堤及旁近诸堤坝。洪泽湖溢，泗州、盱眙被灾，上询修治策，鹏翮言：“泗州、盱眙屡被灾，即开六坝亦不能免。”上怒曰：“六坝乃于成龙题请，不自鹏翮始。顷因泗州、盱眙灾，令与阿山议修治，非开六坝救泗州、盱眙而令淮、扬罹患也。鹏翮何昏愦乃尔！”四十一年，鹏翮疏请加筑清河县黄河南北岸戧堤，天妃闸改筑运，草坝建石坝，改卞家庄土堤为石堤，皆议行。又以桃源城西烟墩黄大涨，请加筑卫城月堤，并于邵家庄、颜家庄开引河，上虑议迟延，特允之。四十二年，上南巡视河，制河臣箴、淮黄告成诗以赐，并书榜赉鹏翮父？良。

山东泰安、沂州等州饥，上命截漕二万石鹏翮往赈。鹏翮令河员动常平仓穀二十八万馀石散赈，疏请以山东各官俸工补还。上责鹏翮河员发仓穀邀誉，乃令山东各官补还，鹏翮谢罪，仍以“殚心宣力、清洁自持”加太太保。

河决时家，数年未堵。鹏翮以淮安王谦言劾山安同知佟世禄冒帑误工，夺官追偿。世禄再叩阍，上令尚书徐治，鹏翮、谦坐诬劾当谴，上特宽鹏翮。工侍郎赵世芳又劾鹏翮浮销十三万有奇，请逮治。上曰：“河工钱粮原不限数，大所需多，小所需少。如谓鹏翮以十三万己，必无之事。河工恃用人，鹏翮用人不胜事，故至此耳。”因还世芳疏。上南巡，阅清，见黄倒，诘鹏翮，鹏翮不能对。上曰：“汝为王谦辈所欺，于刻薄。大儒持如光风霁月，况大臣为国，若徒自表廉洁，于事何益？”上舟渡河阅九里冈，嘉鹏翮修治如法，御制诗书扇以赐。及秋，淮、黄并涨，古沟、清沟、韩家庄并溢，廷臣议夺官，上命仍留任。寻督诸漫。

四十五年，疏请开鲍家营引河，寻用通判徐光启言，拟开引河张福，分洪泽湖异涨，即为家堰保障，谓为溜淮。鹏翮与总督阿山、总漕桑额合疏请上莅视。四十六年，上南巡，阅所拟引河，谕曰：“朕自清至曹家庙，见地势甚，标竿错杂。依此开河，不惟坏田产，抑且毁冢墓。鹏翮读书人，乃为此残忍事，读书何为？”诘责鹏翮，鹏翮谢罪。上以议为河山所主，非鹏翮意，削太太保，夺官，仍留任。四十七年，以黄、运、湖、河修防平稳，命复官，并免应追帑银。寻迁刑尚书。四十八年，调。

五十一年，江南总督噶礼与巡抚张伯行互劾，命鹏翮与总漕赫寿往。鹏翮等右噶礼，请罢伯行。五十二年，调吏。伯行劾布政使牟钦元，赫寿时为总督，与异议。五十三年，命鹏翮与副都御史阿锡鼐往，复请雪钦元，议伯行罪斩。事互详伯行传。寻丁父忧，以原官回籍守制，服阕还朝。

六十年，汶旱涸阻运，命往勘。请疏濬坎河、爪诸泉分注南旺，而于彭筑堤，障沙微山湖。河决开州，横至山东张秋，阻运，命往勘。请筑南旺、场等湖堤，蓄济运；并陈引沁运利害，谓地势西北于东南，若沁从直下，而河蹑其后，害且叵测。