。世祖定大原，以京师国监为大学，立文庙。制方，南乡。西持敬门，西乡。前大成门，内列戟二十四，石鼓十，东西舍各十一楹，北乡。大成殿七楹，陛三，两庑各十九楹，东西列舍如门内，南乡。启圣祠正殿五楹，两庑各三楹，燎炉、瘗坎、神库、神厨、宰牲亭、井亭皆如制。

顺治二年，定称大成至圣文宣先师孔，秋上丁，遣大学士一人行祭，翰林官二人分献，祭酒祭启圣祠，以先贤、先儒飨从祀。有故，改用次丁或下丁。月朔，祭酒释菜，设酒、芹、枣、栗。先师四三献，十哲两庑，监丞等分献。望日，司业上香。

正中祀先师孔，南乡。四：复圣颜，宗圣曾，述圣思，亚圣孟。十哲：闵损、冉雍、端木赐、仲由、卜商、冉耕、宰予、冉求、言偃、颛孙师，俱东西乡。西庑从祀：先贤澹台灭明、宓不齐、原宪、公冶长、南适、公晳哀、商瞿、柴、漆雕开、樊须、司耕、商泽、有若、梁鱣、巫施、冉孺、颜辛、伯虔、曹血阝、冉季、公孙龙、漆雕徒文、秦商、漆雕哆、颜、公西赤、壤驷赤、任不齐、石作蜀、公良孺、公夏首、公肩定、后、鄡单、奚容E9、罕父黑、颜祖、荣旗、句井疆、左人郢、秦祖、郑国、县成、原亢、公祖句兹、廉洁、燕伋、叔仲会、乐欬、公西舆如、狄黑、邽巽、孔忠、陈亢、公西E9、琴张、颜之仆、步叔乘、施之常、秦非、申枨、颜哙、左丘明、周敦颐、张载、程颢、程颐、邵雍、硃熹，凡六十九人；先儒公羊、穀梁赤、伏胜、孔安国、苌、后苍、堂生、董仲舒、王通、杜、韩愈、司光、欧修、胡安国、杨时、吕祖谦、罗从彦、蔡沈、李侗、陆九渊、张栻、许衡、真德秀、王守仁、陈献章、薛瑄、胡居仁，凡二十八人。

启圣祠，启圣公位正中，南乡。位：先贤颜无繇、曾、孔鲤、孟孙氏，东西乡。两庑从祀：先儒周辅成、程？、蔡元定、硃松。

九年，世祖视学，释奠先师，王、公、百官，斋戒陪祀。前期，衍圣公率孔、颜、曾、孟、仲五氏世袭五经博士，孔氏族五人，颜、曾、孟、仲族各二人，赴都。暨五氏孙居京秩者咸与祭。是岁授孔氏南宗博士一人，奉西安祀。

十四年，给事中张文光言：“追王固诬圣，而‘大成文宣’四字，亦不足以尽圣，宜改题‘至圣先师’。”从之。康熙六年，颁太学中和韶乐。二十二年，御书“万世师表”额悬大成殿，并颁直省学。二十六年，御制孔赞序、颜曾思孟四赞鑱之石。揭其文颁直省。

五十一年，以硃昌明圣学，升跻十哲，位次卜。寻命宋儒范仲淹从祀。

雍正元年，诏追封孔五代王爵，于是锡木金父公曰肇圣，祈父公曰裕圣，防叔公曰诒圣，伯夏公曰昌圣，叔梁公曰启圣，更启圣祠曰崇圣。肇圣位中，裕圣左，诒圣右，昌圣次左，启圣次右，俱南乡。飨从祀如故。

二年，视学释奠，世宗以祔飨庙诸贤，有先罢宜复，或旧阙宜增，与孰应祔祀崇圣祠者，命廷臣考议。议上，帝曰：“圣、何休非纯儒，郑众、卢植、服虔、范甯守一家言，视郑康成淳质通者有间，其他诸儒是否允协，应再确议。”复议上。于是复祀者六人：曰林放、蘧瑗、秦冉、颜何、郑康成、范甯。增祀者二十人：曰孔弟县亶、牧，孟弟乐正、公都、万章、公孙丑，汉诸葛亮，宋尹焞、魏了翁、黄幹、陈淳、何基、王柏、赵复，元金履祥、许谦、陈澔，明罗钦顺、蔡清，国朝陆陇其。崇圣祠者一人，宋横渠张迪。

寻命避先师讳，加“邑”为“邱”地名读如期音，惟“圜丘”字不改。

四年八月仲丁，世宗亲诣释奠。初，秋二祀无亲祭制，至是始定。牺牲、笾豆视丁祭，行礼二跪六拜，奠帛献爵，改立为跪，仍读祝，不饮福、受胙。尚书分献四，侍郎分献十一哲两庑。明年，定八月二十七日先师诞辰，官民军士，致斋一日，以为常。又明年，御书“生民未有”额，颁悬如故事。十一年，定亲祭仪，香案前三上香。

乾隆二年，谕易大成殿及门黄瓦，崇圣祠绿瓦。复元儒吴澄祀。三年，升有若为十二哲，位次卜商。移硃次颛孙师。