天汉释疑，新法测以远镜，天汉乃无算小星攒聚而成。曰四馀删改，罗即白之正，计都即中，月孛乃月行极之。至紫一馀，无数可定，明史附会，今俱改删。曰测，新法增置者，曰象限仪、百游仪、地平仪、弩仪、天环天球纪限仪、浑盖简平仪、黄赤全仪，而新制之远镜，尤为测星要。曰日晷，为地平晷、三晷、百游晷、通光晷。此外更有星晷、月晷，以备夜测之用。若望所言，大抵据新法以诋旧术之疏，然新法之蕴，亦尽于此矣。

十四年四月，前回回科秋官正吴明炫言：“臣祖默河亦里等十八姓，本西域人，自隋开皇己未抱其学重译来朝，授为日官。一千五十九年，专司星宿行度吉凶，每年推算太五星凌犯，天象占验，日月，即以臣科白本呈为定例。顺治三年，本监掌印汤若望令臣科凡日月及太五星凌犯、天象占验俱不必奏。臣查若望所推七政，星二、八月皆伏不见，今星二月二十九日仍见东方，又八月二十四日夕见，关系象占，不敢不据实上闻。乞复立回回科，以存绝学。”奏下所司。时新安官生杨光先叩阍摘谬论，纠汤若望新法之谬，且言：“时宪书有‘依西洋新法’五字尤不合。”又选择议，纠若望选荣亲王葬期用洪范五行，山向、日月俱犯忌杀。

康熙三年十二月，礼议“时宪书面‘依西洋新法’五字拟改‘奏准’二字”从之。四年，议政王等言：每日百刻，新法改为九十六刻；二十八宿次序，汤若望将觜、参二宿改易前后；又将四馀删去紫，俱不合。其选择不用正五行，用洪范五行，以致山向、日月俱犯忌杀，事犯重大，将汤若望及科官等分别拟凌迟斩决。敕汤若望从宽免死，时宪科李祖白等五人俱斩。于是复用大统旧术，以杨光先掌监务，光先抗疏屡辞，不允。光先于推步之学本不，唐熙七年，谓明年当闰十二月，寻知其误，自行检举，而时宪书已颁行，乃谕天下停止闰月云。是年监副吴明烜言：“古法差谬，五官正暨回回科所各不同，立加校正。”下礼议。礼覆奏：“五官正戈继文等所算七政金二星差错太甚，主簿陈聿新所推七政未经测验，亦有差错，监副吴明烜所推七政与天象相近，理应颁行，仍令监臣同四科官，每日昼测晷景以定节气，夜测月五星以定行度。”从之。

十一月，西人南怀仁言所颁各法不合天象，乃召南怀仁、利类思、安文思及监官祐、杨光先、吴明烜等至东华门，大学士李霨传谕：“授时乃国家要政，尔等勿挟宿仇，以己为是，以彼为非。是者当遵用，非者当更改，务期归于至善。”十二月，南怀仁劾吴明烜所造康熙八年七政时宪书纠谬，下王大臣、九卿、科会议，议政王等言：“乞派大臣同南怀仁等测验。”乃遣图海、李霨等二十人赴观象台测验。八年二月，议政王等议覆：“图海等赴观象台测验，南怀仁所言皆合，吴明烜所言皆谬，问监正祐等，亦言南怀仁所算实与天象合。窃思百刻虽行之已久，但南怀仁九十六刻之法既合天象，自应颁用。又南怀仁言罗、计都、月孛系推算所用，故载于七政之后，其紫星无用，不应造。应自康熙九年为始，用九十六刻之历”时明烜言“臣祗知天文，不知历法”光先言“臣不知历法，惟知历理”光先语尤不逊，褫职。三月，授南怀仁钦天监监副。先是监官依古法推算，康熙八年十二月应置闰，南怀仁言雨为正月中气，是月二十九日值雨，即为康熙九年正月，不应置闰，置闰当在明年二月。监官多直怀仁，从其言，改闰九年二月，于是大统、回回两法俱废，专用西洋法，如顺治之初。八月，南怀仁劾杨光先诬陷汤若望叛逆，议政王等议“汤若望应复通微教师，照原品赐恤，杨光先应反坐”敕“免议”

十三年二月，新造仪象志告成，南怀仁加太常寺卿衔。十四年二月，谕监副安泰从何君锡学古历法。十五年二月，钦天监奏五月朔日，监副安泰依古法算，应五分六十秒，南怀仁新法只应二十微三分秒之一。至期登台测验，酉正甚，将及一分，戌初刻复圆，古法所推分数失之甚远，而新法亦不甚合。南怀仁曰：“此清蒙气之所为，蒙气能映小为大故也。”

十七年七月，钦天监呈康熙永年表三十二卷。二十二年十月，监臣推算盛京九十度表告成。初，南怀仁奏：“各省北极度不同，其合之时刻分俱不等，全凭各省之九十度表推算。向来不知盛京北极度，即用京师之九十度表，今测得盛京北极比京师二度，请依其度推算九十度表。”从之。至是，以盛京九十度表呈，谕“永远遵守”云。