舒恕、莽依图退至江西。上闻广东变作，命移兵益江西。

五月壬午朔，日有之。乙酉，复设郧抚治，以杨茂勋任之。丙戌，鄂罗斯察汉汗使人来贡。己亥，抚远大将军图海败王辅臣于平凉。

六月壬朔，王辅臣降，图海以闻。诏复其官，授靖寇将军，立功自效，诸将弁皆原之。己卯，耿继善弃建昌遁。上谕杰书曰：“耿忠自撤其兵，显为海寇所。其乘机速。”

七月辛巳朔，赐鄂罗斯使臣鞍服。大学士熊赐履免。以慕天颜为江苏巡抚。庚，以姚文然为刑尚书，郎廷相为福建总督。振武将军佛尼勒会张勇、王宝击吴之茂于秦州，大败之，贼众宵遁。

八月甲寅，穆占复礼县。壬戌，上奉太皇太后幸汤泉。乙亥，赖塔击九玉于衢州，复江山，九玉弃军遁。

九月庚辰朔，赖塔击九玉，破之，复常山。攻仙霞关，贼将金应虎迎降，复浦城，连下建宁。癸未，张勇复阶州。乙未，耿忠戕前总督范承谟。山西巡抚达尔布有罪免。丙午，命穆占为征南将军，移军湖广。

冬十月辛酉，上奉太皇太后还。乙丑，康亲王杰书师次延平，贼将耿继以城降。耿忠遣显祚献伪印乞降，杰书福州，疏闻。上命复其爵，从征海寇自效。其将曾养、叛将祖弘勋俱降。浙江官兵复温、二府。撤兗州屯兵。癸酉，命讲官讲通鉴。

十一月丙戌，海寇犯福州，都统喇哈达击败之。丙申，官兵围长沙。宁海将军贝傅拉塔卒于军。

十二月壬，遣耿昭忠为镇平将军，驻福州，分统靖南籓军。叛将严自明犯南康，舒恕击走之。丁巳，尚之信使人诣简亲王军前乞降，且乞师，疏闻。许之。吴三桂将吴世琮杀孙延龄，踞桂林。庚申，海澄公黄芳世自贼中脱归。上嘉之，加太太保，与其弟黄蓝并赴康亲王大军讨贼。建威将军吴丹复山。辛未，颁赏诸军军士金帛。丙，祫祭太庙。耿继善弃邵武，海寇据之。副都统穆赫林击之，贼将彭世勋以城降。

是岁，免直隶、江南、江西、陕西各省三十四州县灾赋有差。朝鲜贡。

十六年丁巳正月丙申，将军额楚攻吉安失利，命侍郎班迪驰勘军状。

二月己未，上幸南苑行围。甲，大阅于南苑。免福建今年租赋，招集亡。丙寅，以鄂内为讨逆将军，赴岳州。丁卯，康亲王杰书败郑锦于兴、泉，贼弃漳州遁，复海澄。遣郎中度劳军岳州，察军状。辛未，以靳辅为河总督。癸酉，论池剿寇功，蒙古鄂尔多斯贝勒索诺木等晋爵有差。乙亥，上御经筵。是月江西官军复瑞金、铅山。

三月甲申，以莽依图为镇南将军，督兵广东。己丑，谕礼：“帝王克谨天戒，凡有垂象，皆关治理。设立专官，谨司占候。今星辰凌犯，霜非时，钦天监不以实告，有辜职掌。其察议以闻。”庚寅，命翰林长于词赋书法者，以所业呈。乙未，原任总兵刘忠、苗之秀诣康亲王军降，命随大军剿贼。癸未，诏：“军兴以来，文武官殉封疆，克全忠节，其有旅？亲不能归，妻不得养者，堪轸恻。所在疆吏察明，妥为资送，以昭褒忠至意。”甲辰，誉星见，庆云见。乙巳，吴三桂聚兵守长沙。命勒尔锦临江，图海守汉中，喇布镇吉安，莽依图韶州，额楚驻袁州，舒恕防赣州。

夏四月己未，康亲王杰书疏言州府庆元县民人吴臣任等不肯从贼，结寨自固，守义杀贼，实为可嘉。已浙江督抚，效力者录用，归农者奖赏，其阵亡札委守备吴受南等并请恩恤。从之。辛酉，上幸霸州行围。以伊桑阿为工尚书，宋德宜为左都御史。丁卯，提督赵赖败土寇于泰和，擒贼目萧元。戊辰，予死事温陈丹赤等官廕。辛未，上制大德景福颂，书屏，上太皇太后。乙亥，莽依图师至南安，严自明以城降，遂克南雄，韶州。

五月己卯，尚之信降，命复其爵，随大军讨贼。特擢谪戍知府傅弘烈为广西巡抚。先是，弘烈以首吴三桂反状谪梧州。及兵起，弘烈上书陈方略，故有是命。旋加授抚蛮灭寇将军，与莽依图规取广西。甲午，额鲁特噶尔丹攻败喀尔喀车臣汗，来献军实，却之。

六月丁巳，祖泽清以州降。