克铅山，解广信围，李秀成遁走。命遇提督缺侭先题奏。规取青，败援贼，尽毁城外贼垒。

同治元年，诏推恩诸将，嘉超屡著战功，赐黄褂，授浙江提督。时贼聚皖南，东连苏、浙，西濒江，上自建德、东，下至铜陵、芜湖。超东西策应，解铜陵围，克青、石埭、太平、泾县，大破杨辅清于宁国，复其城，予云骑尉世职。贼首洪容海、张遇先后投诚，受降，编其众为启化营、字营，从战皆有功。是年冬，丁母忧，请终制，诏夺情留军。二年，战泾县。贼设伏来诱，超亦潜伏山坳以伺，断贼后路，夹击，大破之，遂克西河，湾沚。黄文金窜鄱，方赴援，李秀成又陷江浦、浦，超驰救，破贼青溪镇，连克巢县、山，和州、江浦、浦，北岸肃清；遂会师克九洑洲，而青又被围，驰至，贼遁，追破之于曹塘，攻东坝贼巢，克之。贼酋先后率众降者数万，建平、溧皆复。曾国籓奏以东坝为重隘，令超驻守，以备游击。

三年，克句容、金坛。时苏、浙败贼聚于江西，命超驰援，破贼于丰城。会江宁克复，论功，予一等轻车都尉世职。七月，破许湾贼巢，连克崇仁、宜黄、东乡、奎谿、南丰。贼酋陈炳文以六万人降，受之。追贼赣南，解宁都围，歼贼万计，赐双翎。贼酋汪海洋遣党诈降，整军以待，骤击之，溃，瑞金，城下尸积为阜，城贼亦遁，追至福建境。洪秀全幼福瑱为赣军所擒，诏锡封超一等爵。

先是，超请回籍葬亲，赐银五百两，命俟江、皖肃清后予假。是年冬，申前请，允之，复命假满率旧关援新疆。所多南人，畏远征，疆臣多以为言，请留剿粤匪馀孽，曾国籓亦请先留甘肃内地。超已令将宋国永率八千人先发，四年，至湖北金，军溃。诏急起超于家，免其关，改赴福建，命沿途招抚溃勇。溃勇多降众，仍由江西趋粤与匪合，超由赣州剿。时粤匪馀党聚踞嘉应州，汪海洋已为闽军所歼，贼中推谭元为首。十二月，战于平成铺，贼踞岭而阵。超合闽、粤诸军大破之，追至城下，宵遁。预设伏于黄沙障及北溪、白沙坝，五路兜击，谭元中枪坠崖死，诸酋擒斩无漏网者，获叛勇欧辉、黄矮等磔之。粤匪平，加一云骑尉世职。五年，仍授浙江提督，命移师剿捻，追逐于湖北、河南、陕西界上，贼望风辄走。疆臣争得其兵为助，以西安戒严，诏饬赴陕。

六年正月，抵樊城，闻捻匪至，与淮军将刘铭传约期于安陆永隆河夹击。铭传先至，为贼所败，夷伤颇重。超至，击贼背，大破之。任、赖文光遁走，俘其妻孥，夺回所失军装。超久为名将，铭传后起与之埒。是役超自以转败为胜有功，而铭传咎其后至，李鸿章右铭传，超大愤，称病。迭诏勉，曾国籓及鸿章驰书相继。超终乞罢去军，所三十营，令将宋国永、唐仁廉分领。诏娄云庆代将，皆虑其军难制，遣散过半焉。

超既归，屡敕问病状。十三年，召来京，因病未复，仍续假。光绪六年，起授湖南提督，募军驻乐亭防俄罗斯，事定回任。八年，复以病请解职。十一年，法越战起，命率师驻云南白关外。和议成，撤防回籍。十二年，卒，赠太少保，赐银三千两治丧，立功地建专祠，谥忠壮。祖龄袭爵，官浙江金衢严。

超治军信赏必罚，不事苛细，得士卒死力。战，疾如风雨，贼望而披靡，弃械跪前，即不杀，以此服其威信。所多骁将，宋国永、娄云庆最为所倚。谭胜达、唐仁廉亦并至专阃。